Ассоциация футбола Узбекистана (АФУ) была основана в 1946 году. В период с 1946 по 1991 годы организация осуществляла деятельность под названием Федерация футбола Узбекской Советской Социалистической Республики. Начиная с 1992 года она продолжила свою работу как Федерация футбола Узбекистана. В 1994 году Федерация футбола Узбекистана была принята в члены ФИФА и Азиатской футбольной конфедерации (АФК). Несмотря на это, национальной сборной Узбекистана было разрешено участвовать в международных товарищеских матчах под эгидой ФИФА уже с 1992 года. В период с 1997 по 2013 годы Федерация футбола Узбекистана входила в состав одной из субконфедераций АФК — Федерации футбола Центральной и Южной Азии. Данная субконфедерация объединяла футбольные федерации стран Центральной и Южной Азии, а в последующем продолжила деятельность как структура, охватывающая исключительно государства Южной Азии.